Τα όργανα διοίκησης του Οργανισμού Ανάπτυξης Κρήτης είναι :
1. Η Γενική Συνέλευση
2. Το Διοικητικό Συμβούλιο
3. Η Επιτροπή Ελέγχου και
4. Ο Διευθύνων Σύμβουλος
Ενώ τα αποφαινόμενα Όργανα είναι
1. Η Προϊσταμένη Αρχή
2. Η Διευθύνουσα Υπηρεσία και
3. Το Τεχνικό Συμβούλιο