− Τμήμα Συγκοινωνιακών Μελετών
- Διεύθυνση Υδραυλικών Έργων
− Τμήμα Συμβάσεων, Προγραμματισμού και Απαλλοτριώσεων
− Τμήμα Κατασκευής Υδραυλικών Έργων Ανατολικής
Κρήτης
− Τμήμα Κατασκευής Υδραυλικών Έργων Δυτικής Κρήτης
− Τμήμα Υδραυλικών Μελετών
- Διεύθυνση Λοιπών Αναπτυξιακών Έργων
− Τμήμα Συμβάσεων, Προγραμματισμού και Απαλλοτριώσεων
− Τμήμα Κατασκευής λοιπών Αναπτυξιακών Έργων
− Τμήμα Αναπτυξιακών Μελετών
- Διεύθυνση Διαχείρισης Συγκοινωνιακών & Υδραυλικών Έργων
− Τμήμα Εκμετάλλευσης, Λειτουργίας και Συντήρησης ΒΟΑΚ
− Τμήμα Εκμετάλλευσης, Λειτουργίας και Συντήρησης ΝΟΑΚ
− Τμήμα Διαχείρισης Υδραυλικών Έργων
- Διεύθυνση Στρατηγικού Σχεδιασμού και Ανάπτυξης
− Τμήμα Προγραμματισμού και Ανάπτυξης
− Τμήμα Κοινοτικών Προγραμμάτων
− Τμήμα Έργων Συμπράξεων Δημοσίου και Ιδιωτικού Τομέα
− Τμήμα Περιβάλλοντος και Χωροταξίας
- Διεύθυνση Διοικητικών Υπηρεσιών
− Τμήμα Διοίκησης Ανθρωπίνου Δυναμικού
− Τμήμα Διοικητικής Οργάνωσης & Γραμματείας
− Τμήμα Προμηθειών
− Τμήμα Μηχανοργάνωσης
- Διεύθυνση Οικονομικών Υπηρεσιών
− Τμήμα Λογιστηρίου
− Τμήμα Οικονομικής Διαχείρισης
− Τμήμα Προϋπολογισμού
− Τμήμα Χρηματοδοτήσεων Έργων
Απευθείας στο Διοικητικό Συμβούλιο της Εταιρείας υπάγονται και λειτουργούν ως αυτοτελή όργανα:
α. Τεχνικό Συμβούλιο
β. Συμβούλιο Διευθυντών
γ. Νομική Υπηρεσία
δ. Υπηρεσία Εσωτερικού Ελέγχου
ε. Γραφείο Τύπου & Δημοσίων Σχέσεων
στ. Γραφείο ΔΣ, Προϊσταμένης Αρχής –Σύμβουλοι
ζ. Γραφείο Ποιότητας και Αποδοτικότητας
η. Υπηρεσία Υγιεινής & Ασφάλειας Εργασίας